El CLUB FÚTBOL BASE DE ALFARO se funda el 23 de Septiembre de 1994 como continuación a la labor iniciada en la ESCUELA MUNICIPAL DE FÚTBOL desde el año 1988 por un grupo de monitores que, desinteresadamente, pusieron los cimientos de lo que es hoy nuestro Club.
En la temporada 1995-1996 se produjo la integración en nuestro Club de los equipos infantiles y cadetes, de 12 a 15 años, del CLUB CATEQUESIS DE SAN FRANCISCO, dirigido y entrenado por los hermanos Jesús y Manuel Fernández Álvarez.
De esta forma, el C.F. Base inscribió con su nombre en la Federación Riojana de Fútbol a 2 equipos en categoría cadete y 2 en categoría infantil. Además, participó por primera vez en el Torneo Alevín de La Ribera, organizado por el Ayuntamiento de Tudela (Navarra). Así mismo, se ampliaba, por abajo, el límite de edad de ingreso en el Club, admitiendo a alumnos-jugadores de 5 años en la categoría de Pre-aspirantes.
En la temporada 1997-1998 se decidió la creación de un equipo juvenil en 2ª Categoría Territorial que diera acogida a todos los jugadores de esta edad que no eran fichados por el C.D. Alfaro, con el objetivo de mantenerlos en la práctica del fútbol hasta que estuvieran en condiciones de dar el salto al equipo juvenil del citado Club.
En la temporada de 1998-1999, se dejó de participar en el Torneo Alevín de La Ribera, inscribiendo los equipos de esta categoría en la Federación Riojana de Fútbol, para jugar en la modalidad de fútbol 7.
El organigrama sobre el que se ha apoyado la gestión de estos recursos económicos y humanos y la propia dirección del Club ha sido, durante sus años de vida, un órgano vivo y en constante renovación por la adecuada sustitución de sus directivos y representantes.
Con relación a los aspectos de organización y dirección de esta estructura deportiva, se ha producido, desde la temporada 1996-1997, la subdivisión del Club en dos secciones bien diferenciadas, denominadas ESCUELA MUNICIPAL, en la que se engloban las categorías Pre-Aspirantes, Aspirantes y Benjamines, de 5 a 11 años, y SECCIÓN FEDERADA, que incluye a las categorías de Alevines, Infantiles y Cadetes, de 12 a l5 años, además del equipo Juvenil cuando el volumen de jugadores lo permita. De esta manera, quedaba configurado el nuevo organigrama directivo y deportivo, considerado por la Junta Directiva como el más idóneo para conseguir el mejor aprovechamiento de los recursos humanos y administrativos de que dispone el C.F. Base de Alfaro.